Celem działania europejskiej sieci obszarów chronionych Natura 2000 jest powstrzymanie wymierania zagrożonych roślin i zwierząt oraz ochrona różnorodności biologicznej na terenie Europy. Do wdrożenia sieci zobowiązane są wszystkie kraje Wspólnoty.
Sieć Natura 2000 tworzą dwa typy obszarów:
•    obszary specjalnej ochrony ptaków (OSO), wyznaczone do ochrony populacji dziko występujących ptaków,
•    specjalne obszary ochrony siedlisk (SOO), chroniące siedliska przyrodnicze i gatunki roślin i zwierząt.
Podstawą wyznaczania obszarów Natury 2000 są kryteria naukowe.

Większość obszarów naturowych powstała na terenach leśnych. Stanowią one 40 proc. gruntów w zarządzie PGL LP, zajmują ponad 2,8 mln ha.

Na terenie Nadleśnictwa Kutno wyznaczono 5 obszarów Natura 2000 o łącznej powierzchni 758,51 ha, są to:

PLH 100002 Dąbrowa Świetlista w Pernie o pow. 40,13 ha - znajdująca się na terenie Leśnictwa Perna, utworzona do ochrony dobrze wykształconej świetlistej dąbrowy subkontynentalnej. Dominują tu stuletnie drzewostany dębu bezszypułkowego, wraz z małymi płatami zbiorowiska okrajkowego. W wielogatunkowym runie, będącym cechą świetlistej dąbrowy, zachowały się wszystkie gatunki roślin charakterystyczne dla siedliska, a wśród nich stwierdzono występowanie gatunków chronionych lub rzadkich, takich jak: kruszczyk szerokolistny, lilia złotogłów, naparstnica zwyczajna, podkolan biały, wawrzynek wilczełyko, kalina koralowa, konwalia majowa, kruszyna pospolita, pierwiosnek lekarski.,

PLH 100006 Pradolina Bzury i Neru o pow. 696,50 ha - pokrywa się częściowo z Pradoliną Warszawsko-Berlińską (wyznaczony jest tam inny obszar Natura 2000) pomiędzy Łowiczem i Dębiem. Koryta rzek Bzury i Neru są uregulowane. Obszar został powołany dla zachowania cennych siedlisk przyrodniczych, których stwierdzono aż dziewięć, w tym łęgów, łąk i torfowisk.
Obszar charakteryzuje się sporą liczbą stawów rybnych, rowów, starorzeczy i dołów potorfowych w różnych stadiach zarastania, znajdują się tu rozległe łąki kośne i uprawiane. Niewielkie kompleksy lasów łęgowych zachowały się wzdłuż rzek. W dużej części ostoi zachodzi intensywna sukcesja regeneracyjna na skutek wycofywania się rolnictwa: odtwarzają się naturalne lasy łęgowe, olsy oraz zespoły szuwarowe. Jest to najcenniejszy obszar bagienny w środkowej części kraju.

PLH 040007 Jezioro Gopło o pow. 9,05 ha. Obszar ma w skali Wielkopolski duże znaczenie dla zachowania zbiorowisk łąkowych wykształconych na pokładach wapna łąkowego. Duże połacie zajmują tu łąki halofilne (czyli słonolubne). Bytuje tu łącznie 7 gatunków z załącznika II Dyrektywy.

PLB 040004 Ostoja Nadgoplańska o pow. 2,00 ha. Obszar jest ważną ostoją ptaków ze względu na liczne stanowiska lęgowe ptaków wodno-błotnych, stanowi też miejsce wypoczynku dla ptaków przelotnych. Występują tu co najmniej 24 gatunki ptaków z Załącznika I Dyrektywy Ptasiej. Obszar ten jest ważny również ze względu na obecność innych niż ptaki chronionych zwierząt - zamieszkuje go wydra, a wśród płazów można spotkać kumaka nizinnego, traszkę grzebieniastą czy liczne gatunki żab.

PLB 100001 Pradolina Warszawsko-Berlińska o pow. 707,33 ha - Obszar obejmuje dolinę rzeki Bzury wraz z otaczającymi ją podmokłymi, łąkami, terenami rolniczymi, kompleksami stawów rybnych, mniejszymi ciekami wodnymi, stanowiącymi dopływy Bzury, a także niewielkimi lasami. Fragment obszaru, zwany doliną Neru, jest ostoją ptaków o randze europejskiej, natomiast stawy: Okręt, Rydwan, Psary oraz Dolina Bzury mają status ptasich ostoi o randze krajowej. Odnotowano tu występowanie 28 gatunków ptaków z Załącznika I Dyrektywy Ptasiej.