Teren Nadleśnictwa Kutno zajmują drzewostany sosnowe, dębowe, które nie mają naturalnej odporności, stąd występujące w tych drzewostanach szkody spowodowane przez czynniki abiotyczne i biotyczne. Z czynników abiotycznych najistotniejszym są silne wiatry powodujące wywroty i złomy w drzewostanach sosnowych, świerkowych.

Z czynników biotycznych największe znaczenie mają grzyby patogeniczne: opieńka miodowa i huba korzeni, oraz szkodliwe owady: brudnica mniszka, kornik drukarz oraz zwójka zieloneczka.

Ochronę lasu przed szkodliwymi owadami i grzybami Nadleśnictwo realizuje poprzez kontrolę zapędraczenia gleby, wykładanie pułapek klasycznych i feromonowych, zabiegi mechaniczne, usuwanie drzew opanowanych przez szkodniki, ochrona mrowisk.

Innym bardzo ważnym problemem nadleśnictwa jest wysoki stan zwierzyny płowej, który utrudnia w znacznym stopniu wyprowadzenie upraw. Dla ograniczenia szkód od zwierzyny prowadzone jest grodzenie upraw, palikowanie, zabezpieczanie upraw repelentami.

Znaczne rozproszenie lasów na obszarze o bardzo niskiej lesistości i położenie ich części w pobliżu ważnych szlaków komunikacyjnych i jezior Pojezierza Kujawskiego jest przyczyną znacznej ich penetracji przez ludność, a jednocześnie przyczyną wielu wynikającej z tej penetracji szkód. Powoduje to, że część lasów musi być przystosowywana i przygotowana na przyjęcie licznej rzeszy turystów.